En temporada alta hay salidas diarias desde las caletas «San Agustín» y «Los Corrales». Los tickets se compran en boleterías de ambas caletas

Avistamiento de Cetáceos y fauna marina

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La Reserva también es hábitat de tres especies de pinípedos, que son el Lobo de mar común (Otaria flavescens), el Lobo fino de dos pelos (Arctophoca australis) y el enorme Elefante marino (Mirounga leonina) durante los meses de verano.

Dentro de la gran diversidad de aves que se encuentran entre las islas, destaca el Pingüino de Humboldt (Spheniscus humboldti), que le da su nombre a la reserva.También destacan tres especies de Cormoranes: el Guanay (Leucocarbo bougainvillii), el Lile (Phalacrocorax gaimardi) y el pato Yeco (Phalacrocorax brasilianus) y grandes colonias de Alcatraces o Piqueros (Sula variegata) y el pequeño petrel Yunco (Pelecanoides garnotii).

Navegación
Navegación

Navegación en bote a motor acondicionados para el turismo por el área protegida de la Reserva Nacional Pingüino de Humboldt.

2 horas de navegación por ambas islas, recorriendo el contorno oriental de la Isla Choros, donde se observa la mayor cantidad de especies que allí se concentran. Se destacan las colonias de Pingüinos, Cormoranes, Lobos y Delfines. Ocasionalmente también se avistan Ballenas en este recorrido. Luego se realiza un desembarco de 1 hora en Isla Damas. Los ticket para embarcación y acceso a la reserva se compran en Boleterías del muelle.

Desde Caleta Chañaral de Aceituno (25 kms al norte) se puede tomar un tour de navegación hacia Isla Chañaral, donde destaca el avistamiento de ballenas. Se trata de un recorrido de similares características al de Isla Choros, con una duración aproximada de 3 horas. No está permitido el desembarco.